南京大学现代工程与应用科学学院下设四系一中心:材料科学与工程系、量子电子学与光学工程系、生物医学工程系、能源科学与工程系、现代工程教学与实验技术中心,分别开设材料物理、材料化学、光电信息工程、新能源、生物医学工程等专业。
现代工程与应用科学学院瞄准现代工学前沿,面向人类和国家对材料、信息、健康和能源等方面的重大需求,通过建设一支具有国际竞争力的教师队伍,开展高水平的科学技术研究,满足现代工程与应用科学领域的高层次人才需求,培养领军人才。