上海理工大学基础学院共有能源与动力工程、光电信息与计算机工程、机械工程、环境与建筑、医疗器械与食品、理学、材料科学与工程七个专业大类。学院依托专业学院，合理整合资源，逐步实现卓越工程基础教育体系化、基础课程教学专业化、专业学习融通化、专业二次选择科学化。“全人教育”，即以全人教育为理念，在大一学生中实施符合工程类专业的通识教育，培养学生不但具有合理的知识结构，还具备科学品质、创新精神、国际视野和人文素养。
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