石河子大学动物科技学院下设动物医学系、动物科学系。动物医学系下有三个教研室:基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学教研室;动物科学系下有两个教研室:动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学教研室。
设有2个本科专业——动物医学专业和动物科学专业。其中动物医学为国家级特色专业,动物医学专业学制改为五年制。动物科学专业入选教育部卓越农林人才教育培养计划改革试点项目(拔尖创新型)。动物科学专业获批国家级“一流本科专业”建设点。学院有实验站和教学动物医院作为教学辅助单位和教学科研基地。