石河子大学食品学院现有“食品科学与工程”“食品质量与安全”“葡萄与葡萄酒工程”本科专业,“食品科学与工程”一级硕士学位授权点及“生物与医药”“食品加工与安全”两个专业硕士学位授权点。在农业工程一级学科博士学位授权点下自设“农产品加工工程”博士招生专业。