石河子大学水利建筑工程学院学院下设水利工程系、土木工程系、给水排水科学与工程系、工程力学系和水利与土木工程实验中心。现有农业水利工程、土木工程(建筑工程方向和道路桥梁工程方向)、给排水科学与工程、水利水电工程、建筑学等五个本科专业。其中农业水利工程专业入选教育部卓越工程师计划,在全疆高校中率先通过国际工程教育专业认证,顺利通过第二轮专业认证。农业水利工程专业、水利水电工程专业、土木工程专业先后入选省级一流专业,土木工程专业同时成为服务兵团重点专业。
学院拥有“农业工程”一级学科博士点,“农业水土工程”二级学科博士点,“农业工程”、“水利工程”和“土木工程”一级学科硕士点、土木水利专业学位硕士点以及农业工程博士后流动站。