内蒙古艺术学院音乐学院下设声乐歌剧系、民族声乐系、管弦系、钢琴系、民族器乐系、作曲指挥系、音乐学系、马头琴系、非物质文化遗产系、基础理论教学部。设有音乐表演、音乐学、作曲与作曲技术理论本科专业,承担自治区“一流建设学科”音乐与舞蹈学中音乐学建设任务,培养艺术学(中国当代音乐研究方向、北方少数民族音乐研究方向) 硕士研究生,有音乐硕士专业学位授权点,有力支撑和推动着本科专业建设和发展。
音乐学院加强特色专业建设,探索蒙古族音乐传承班创新模式,至今开设了科尔沁民歌传承班、阿拉善民歌传承班、潮尔琴传承班、锡林郭勒民歌传承班、鄂尔多斯民歌传承班、呼伦贝尔民歌传承班、乌力格尔传承班、雅托噶传承班等。拥有青年交响乐团、百灵合唱团、萨日朗女子合唱团、青年马头琴乐团、雄鹰管乐团、手风琴乐团、潮尔乐团、艾依丝打击乐团、安达组合、赛依罕弦乐四重奏、阿卡贝拉合唱团等20个艺术实践团队,创演作品经常在各大传播媒体中亮相。