中国科学院大学南京土壤研究所为国家首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一,目前拥有农业资源与环境(含土壤学、植物营养学、资源环境与遥感信息)、环境科学与工程(环境科学、环境工程)、生态学等三个一级学科的博士和硕士学位点;地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治硕士学位点;资源与环境(环境工程)全日制专业学位培养点,农业(资源利用与植物保护)全日制专业学位培养点和“农业资源与环境”、“环境科学与工程”及“生态学”博士后流动站。录取的硕士和博士研究生享有良好的学习、居住和生活条件,而且还将获得较大幅度高于国家标准的奖助学金,其中包括普通助学金、等级奖学金和助研奖酬金等,确保研究生能够集中精力完成学业。