新疆艺术学院音乐学院本科教育现有音乐学、音乐表演、作曲与作曲技术理论、录音艺术等4个专业。其中,音乐表演专业为“国家一流本科专业”,民族器乐表演专业方向被列入“国家级特色专业建设点”,《木卡姆教学、科研、实践新体系的构建》获国家教学成果二等奖、自治区教学成果一等奖,声乐教学、管弦乐教学等两门课程被评为“自治区精品课程”
音乐学院现为自治区级“音乐与舞蹈学”重点学科建设点,其中“新疆民间音乐与舞蹈研究中心”为自治区高校人文社科重点研究基地,音乐表演艺术实践教学中心为“自治区级实践教学示范中心”。