清华大学工程物理系设有核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理、安全科学与技术、医学物理与工程、近代物理研究所。覆盖核科学与技术、安全科学与工程、物理学3个一级学科,拥有7个二级学科、7个博士点、10个硕士点和1个博士后流动站;其中,核科学与技术一级学科是清华大学的传统和优势学科,连续三次在全国一级学科评估中排名第一。