北京交通大学物理科学与工程学院下设物理系、光电子技术研究所、力学系、材料科学与工程系、生命科学与生物工程研究院,形成了“三系一所一院”的教学科研机构。学院涵盖理学和工学两大学科门类,拥有物理学、光学工程、力学三个一级学科博士点和材料科学与工程(共建)、生物学两个一级学科硕士点,其中,光学工程属北京市重点学科。学院下设的材料科学与工程进入材料科学ESI全球排名前1%,物理学科首次进入ESI世界前1%,在2022年QS世界大学排名中,我院有三个学科榜上有名。