复旦大学历史学系拥有中国史和世界史2个一级学科。中国史学科下设中国古代史、中国近现代史、中国当代史、史学理论及中国史学史、专门史、历史文献学6个二级学科;世界史下设史学理论及外国史学史、世界上古史中古史、世界近现代史、世界地区国别史4个二级学科;并设中国史和世界史两个博士后流动站。在教育部第四轮学科评估中,中国史学科被评为A+。