苏州大学医学部现有基础医学与生物科学学院、放射医学与防护学院、公共卫生学院、药学院、护理学院等6个学院、4个临床医学院、13个研究院所和巴斯德学院。现拥有博士后流动站7个,一级学科博士点8个,专业学位博士点1个;一级学科硕士点9个,专业学位硕士点7个。