山西大学制药工程硕士学习内容包括课程学习与学位论文设计。课程学习总学分达到28分,其中公共基础课五门10学分(科学社会主义理论、自然辩证法、外语、计算机技术及应用、数值分析),专业技术基础课必修六门12学分(天然产物化学进展、药理学进展、药物化学进展、药剂学研究进展、现代微生物学与生物化工制药、医药规划研究与设计),在职研究生专业选修课三门6学分(根据不同研究方向,由学校与企业共同选定);学位论文设计选题直接来源于生产实际,论文形式可以是工程设计或产品研制报告,也可以是研究论文。
山西大学制药工程硕士课程学习利用大学寒暑假半脱产集中进行,学位论文一般在原工作单位完成,回学校参加答辩。采用双导师制指导研究生学位论文,即学校和企业各配备一名导师,共同指导学位论文的设计与答辩。