第二军医大学非全日制研究生面向军队和地方招收理学、工学、医学、管理学等四个学科门类的学术学位硕士研究生和应用心理硕士、临床医学硕士、口腔医学硕士、公共卫生硕士、护理硕士、药学硕士、中药学硕士、军事硕士、公共管理硕士等九个类别的非全日制研究生专业学位硕士研究生,接收推荐免试攻读硕士学位研究生。