南京大学管理学院会计学在职研究生主要课程设置:现代经济学、现代财务管理、管理学研究方法与研究设计(会计学)、财务会计研究、会计基本理论研究、成本管理会计研究、财务管理分析研究、审计学研究、风险管理内部控制、非盈利组织财务与会计研究、税收筹划与国际理财、金融市场与公司分析。
南京大学商学院有经济学院和管理学院。其中经济学院有经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系、产业经济学系,管理学院有工商管理系、会计学系、电子商务系、市场营销系和人力资源管理学系,以及人口研究所、数量经济技术经济研究所、市场研究与咨询中心、企业战略研究所、江苏财务与会计研修中心、关百豪国际金融管理研究所、国际经济研究所、人力资源战略研究所等十多个研究机构。商学院拥有本科专业11个,在职硕士生专业(含MBA、EMBA、MPAcc、国际商务、金融5个专业)16个,一级学科博士点3个,二级学科博士点12个,博士后流动站3个。