清华大学教育研究院设有教育学一级学科博士学位授权点,以及教育学学科博士后流动站。已具有学术型硕士、学术型博士和专业学位教育博士等学位项目。
教育研究院设有高等教育研究所、教育政策与管理研究所、教育技术研究所、工程教育研究所和基础教育研究所;有联合国教科文组织国际工程教育中心、国家工程教育多学科交叉学科创新引智基地、教育部-清华大学教育战略决策与国家规划研究中心等多个交叉研究平台。