上海海事大学经济管理学院财务会计研究生重点包括运输业的财务管理体制、投资与筹资决策、融资方式创新、运输业集团化资本经营、运输业会计运行系统及其特征、运输业成本核算方法、运输业收入确认方法、运输企业内审制度、运输企业审计风险控制等。对于现代财务与会计理论与方法在运输业尤其是水运业的应用研究是会计学专业的特色。
经济管理学院财务会计在职研究生主要研究财务会计的相关理论与方法,包括:会计要素、会计确认与计量、会计规范、财务报告的理论与实务等。财务会计研究生导师包括:田建芳、李丹、邵瑞庆、钱美发、巫珊玲、史英明、唐玉莲、张川、章雁等。