上海海事大学经济管理学院管理会计研究生重点包括运输业的财务管理体制、投资与筹资决策、融资方式创新、运输业集团化资本经营、运输业会计运行系统及其特征、运输业成本核算方法、运输业收入确认方法、运输企业内审制度、运输企业审计风险控制等。对于现代财务与会计理论与方法在运输业尤其是水运业的应用研究是会计学专业的特色。
经济管理学院管理会计在职研究生主要研究管理会计的相关理论与方法,包括:管理会计的基本假设与研究范式、战略成本管理、作业成本管理、全面预算等。管理会计研究生导师包括:肖康元、张川、史英明、金丽玉、曾秋根、钱美发、章雁等。