黑龙江东方学院在职研究生教育共设置9个学部,3个教研部。黑龙江东方学院非全日制研究生培养拥有2个专业学位硕士研究生培养类别,涵盖工、理、文、法、经、管、艺术7个学科门类。其中“农产品加工与储藏”为省级重点建设学科,“食品科学与工程”为省级重点专业。